eliminar el grub del arranque

Por lo que dices, has eliminado Ubuntu del disco duro interno y lo has instalado en el externo y a partir de alli no inicia el sistema, prueba con esto:
En una sesión live (cd-dvd-usb):
Instala las build-essential
sudo su
apt-get install build-essentials
Luego baja desde aqui:
http://sourceforge.net/projects/ms-sys/files/ms-sys%20stable/2.2.1/ms-sy...
El archivo ms-sys-2.2.1.tar.gz
En una terminal, estando en el directorio donde se descargó ejecuta:
sudo su
tar xvfz ms-sys-2.2.1.tgz
cd ms-sys-2.2.1
make
make install
ms-sys -7 /dev/sda
Con esto habrias borrado el grub del mbr y estaría restaurado al original del sistema W7
Inicia con Windows 7, verifica las particiones y deja espacio libre el disco duro interno el
al menos unos 500 megas.
Reinstala luego Ubuntu, creando una partición en sistema de archivos ext3 en el espacio libre
del disco duro interno, a la que montaras como /boot
El resto, como hayas decidido y te convenga hacerlo en el disco duro externo.

http://www.ubuntu-es.org/node/153082